El club fue refundado en el año 2000. El conjunto murciano juega su primera temporada en Segunda División B. Actualmente ocupa el puesto nº 18 con 23 puntos en su casillero. Manolo Sánchez ( ex jugador de Murcia C.F.) es el nuevo entrenador desde hace varias semanas.El Moratalla C.F. es un club que fue refundado en el año 2000. El pasado verano conseguía por primera en su corta historia el ascenso a la categoría de bronce del fútbol español.
Ahora una vez transcurridas 25 jornadas del campeonato de liga de Segunda División B Grupo IV ocupa el décimo octavo lugar en la tabla clasificatoria con 23 puntos. El objetivo de esta temporada sin lugar a dudas es la permanencia. Para tratar de eludir el descenso a la Tercera División han cesado recientemente al entrenador Mariano Oyonarte. Y han contratado para dirigir la nave los servicios de Manolo Sánchez, ex jugador del Murcia C.F. en la década de los 90 quién tuvo como entrenador en el equipo grana a Pedro Valentín Mora, ex portero del F.C. Barcelona y a Felipe Mesones, argentino que durante varios lustros entrenó a numerosos equipos de la Primera y Segunda División española.
Manolo Sánchez, catalán afincado en la Región de Murcia, ha entrenado anteriormente al C.D. La Unión y al Águilas C.F. también de la comunidad murciana.
En el mercado invernal el equipo pimentonero ha dado la baja a nueve jugadores y han contratado hasta siete nuevos futbolistas. Actualmente la junta directiva trabaja para dotar al club de una estructura que se consolide en el fútbol profesional.
